Здравей,

Тук: 

string[] commands = new string[5];
        while (commands.Length != 1 && commands[0] != "END")
        {
            commands = Console.ReadLine().Split().ToArray();
            if (commands.Length == 5 && commands[0] == "swap")
........

няма нужда да правиш проверка на commands.Length

commands.Length винаге е 5, защото commands = new string[5]; (нов стринг от 5 елемента)

Тук: 

int x1 = int.Parse(commands[1]);
                int y1 = int.Parse(commands[2]);
                int x2 = int.Parse(commands[3]);
                int y2 = int.Parse(commands[4]);
 
                string temp = matrix[x1, y1];
                matrix[x1, y1] = matrix[x2, y2];
                matrix[x2, y2] = temp;

трябва да направиш проверка преди да направиш matrix[x1, y1] = ... 

защото x1, y1, x2, y2 може да са извън индексите на матрицата и тогава ще ти гръмне, а по условие трябва да кажеш Invalid Input в такъв случей (пробвай да минеш стойностите от Examples за домашното на 'swap 10 9 8 7' ще ти гръмне).

По принцип домашното е дадено малко подвеждащо с тези x,y:

"You should swap the values at the given coordinates (cell [x1, y1] with cell [x2, y2]) and print the matrix at each step" 

в една кординатна систем x е измерението по широчина, а y по височина и би трябвало в матрица да се ползват така: 

cell[y1, x1]

Иначе браво, много хубаво ти се чете 0 WTFs

Успех!