Имам бегла представа какво е SEO, но все пак не съм съгласен, че нямат нищо общо с програмирането. Да разбирам ли, че SEO-то има някаква дори и косвена връзка най-вече с PHP и JS и не особено със C# и Java примерно.

Ами това, което може да те притеснява откъм кода ти е неговата валидност и семантичност - колко правилно е написан и структуриран. И това е кодът, който диктува структурата и представя страницата пред търсачките и хората, а именно HTML и CSS - дори и генерирани от друг код, изпълняващ се от сървърна страна. Малкото, с което всеки какъвто и да е вид софтуер може да ти помогне е автоматизираното генериране на метаданни за динамични страници или автоматизацията на други процеси (примерно). 

Защото в една институция да я наречем, предлагат начални курсoве по PHP, JAVA и JS, като SEO-то е застъпено в програмата на курсовете по PHP и по JS, а в JAVA-та не е засегнато. 

Да, тъй като тези двете се използват, както споменах, за директна манипулация на HTML кода или достъп до сайта/възможност за индексация. 

Ето един пример :)