Обърни внимание на sumPairs при нечетен брой.
Примерно такъв тест:
1 2 3 4 5
sumPairs
print

Може да добавиш такава проверка:
else if (input[0] == "sumPairs")
                {
                    List<int> res = new List<int>();
                    if (nums.Count % 2 != 0)
                    {
                        nums.Add(0);
                    }
                    for (int i = 0; i < nums.Count; i += 2)
                    {
                        res.Add(nums[i] + nums[i + 1]);
                    }
                    nums = res;
                }

Друго, в проверката за contain:

1. if (input[0] == "contains")

2.                 {

3.                     if (nums.Contains(int.Parse(input[1])))

4.                     {

5.                         for (int i = 0; i < int.Parse(input[1]); i++) //   for (int i = 0; i < nums.Count; i++)

6.                         {

7.                             int number = int.Parse(input[1]);

8.                             if (nums[i] == number)

9.                             {

10.                                 Console.WriteLine(i); break;

11.                             }...                        

12.                     

13. Виж си и shift  логиката