Не знам какво е условието на задачата, но грешката я виждам къде е:

1. Ти въртиш един while цикъл от 0 до 12. 

2. На всяко едно завъртане ти вземаш от масива Input стойност и я присвояваш на променливата grade.

3. След това, проверяваш дали стойността на grade >= 4. Ако да - я сумираш в totalGrade. След това, на края, искаш да изпринтиш totalGrade.

Обаче...

Представи си, че масивът input е по-малък от 13 елемента. Да кажем че е 3 елемента. Какво ще се случи тогава? 

В while цикъла на първото завъртане grade ще е равно на index[1], на второто - на Index[2]. А какво ще се случи на третото? Свършили са всичкит елементи в масива Input. Тогава в grade ще присвоиш стойността grade=Number(null), което е NaN.

След това ще сумираш totalGrade += NaN и цялата стойност на totalGrade ще се превърне в NaN.

Накрая ще изпринтиш: 25 graduated. Average grade: NaN.

Не знам дали бях ясен в обяснението.