Предполагам това се случва, защото единият път ти делиш цяло число (int) на друго цяло число (1000) и го запазваш в променлива double. В другия случай умножаваш цяло число с тип double. Не съм напълно сигурен в това което говоря, така че имай 1 на ум. Може да е bunch of nonsence. Но така като гледам това е единственият логически отговор, който мога да ти там. Другото е до огромна степен еднакво. Надявам се това да отговаря на въпроса ти до известна степен.

Ето едно примерно решение на задачата в случай, че не се справяш :) Дава 100/100 в Judge

import java.util.Scanner;

public class FishTank {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        int lenght = Integer.parseInt(scanner.nextLine());
        int width = Integer.parseInt(scanner.nextLine());
        int height = Integer.parseInt(scanner.nextLine());
        double percent = Double.parseDouble(scanner.nextLine());

        double fishTankV = lenght * width * height;
        double litters = fishTankV * 0.001;
        double tknPlace = percent / 100;
        double needed = litters * (1 - tknPlace);

        System.out.println(needed);
    }
}

Препоръката ми е за това ниво да изкарваш всичко в променлива, така много по-ясно и четливо ще намираш къде какво се случва.