И аз имам подобен проблем с ръцете, но не и с главата. Още не съм го изчистила... Мисля че доста внимание трябва да се отдели на Freeze tranformation, защото иначе се получават такива нежелани неща.

Да не си ги избрала в обратен ред ? 

Блендшейповете правят следното (пример):

Имаш колекция от точки А, и колекция от точки Б. 

Блендшейпа работи по следния алгоритъм: крайна позиция = интерполирайМежду (позиция на точка А и позиция на точка Б). Това се повтаря за всяка точка в сета ти (т.е. геометрията).

Вижте това за повече инфо : https://www.youtube.com/watch?v=drGGD8KjHkM

Обяснение : http://download.autodesk.com/global/docs/maya2014/en_us/index.html?url=files/Blend_Shape_deformer_What_are_blend_shapes_.htm,topicNumber=d30e347389

Отделно трябва да внимавате за evaluation order-a на деформаторите върху геометрията. В Мая беше някаква кочинка. За повече инфо, тук : http://lesterbanks.com/2014/11/changing-maya-deformer-order/

Да не си си направил фрийз на блендшейпа по случайност? При мен това се оказа проблемът - всеки път като давах 1 на блендшейпа и оригинала отиваше някъде в небитието. Оказа се, че никога не трябва да се фрийзват копията, на които по-късно ще се прави блендшейп. Доста часове загубих по тази причина. Аз фрийзвам нон-стоп :-)