Здравей!

Поправих кода ти тук и сега взима 100 точки.

1. Махнах всичко закоментирано, за да не пречи

2. Махнах всички условия накрая при печатането, защото има по-лесен начин: Console.WriteLine(Math.Max(length, length1));

3. Изтрих променливите end, вече нямаше нужда от тях.

4. Допълнително (без това да влияе на точките) вторият цикъл може да се промени да е :

for (int i = 0; i < Math.Min(s1.Length, s2.Length); i++)
            {
               ..
            }

Индексът i го използваш само, за да минеш Math.Min(s1.Length, s2.Length) на брой пъти през масивите, затова няма нужда да отброява отзад напред.

Изглежда проблемът е бил в изхода, аз дори не тествах твоя код, преди да го променя.

Един съвет от мен, имената на променливите могат да бъдат малко по-красноречиви с цел по-лесно четене на кода. Например броячите могат да са counterLeft и counterRight, така се разбира веднага, че става дума за някакво броене.