Едната грешка е, че когато изтриваш елемента не връщаш цикъла с едно и по този начин пропускаш един елемент.

трябва да вмъкнеш  i=i-1; при всяко триене.

Какво става обаче, ако foreacha продължи да върти след като е изтрил елемента? Задължително трябва да има и край на цикъла след триене:

            for (int i = 0; i < addons.Count; i++)
            {
                foreach (string t in blacklist)
                {
                    if (addons[i].Contains(t))
                    {
                        addons.Remove(addons[i]);
                        i = i - 1;                                    // Връщаме назад цикъла, след като има с един елемент по-малко
                        break;               // Прекъсваме  foreach за да не поиска например елемент на -1 индекс и да обърка логиката
                    }
                }
            }