Моето решение: https://pastebin.com/PPR3aPCe

Здравей, 

грешният отговор се получава, когато още в самото начало контролното число е по-малко или равно на специалното число. 

Например тествай с инпут: 9 9 9 1 1;  => output: “Yes! Control number was reached! Current special number is 6.” // а трябва да е 1;

За да поправиш кода си, сложи в началото на цикъла проверка дали не е изпълнено условието или веднага след като прочетеш инпута.

Моят съвет е да използваш if - else if конструкция, защото ще спестиш 40 реда код. Също така, можеш да избягаш от това повторение в цикъла ти на проверката

 if (specialNumber >= controlNumber)

просто изнеси тази проверка в началото на цикъла, преди проверките на останалите условия.

Също така можеш да подобриш логиката на проверките си, например:

 if (i3 % 2 == 0 && i3 !=5 && sum % 3 != 0)  ==  if(i3 %2 == 0 && sum % 3!=0)

Тук проверката ти е последната цифра да е четна и да не е пет, еми ако е четна няма как да бъде 5.

Поздрави!

https://pastebin.com/02Xb6UYr

Ето едно решение и от мен