Здравей

Решението ти има няколко логически проблема. В задачата се иска да принтираш  "The batter should contain flour, eggs and sugar!", при команда "Bake!" и при условие, че не си получил някой от трите продукта. Тава обаче не прекратява изпълнението на текущата партида.

Проверката на условието дали партидата е "готова", трябва да се направи вътре в while -цикъла и да принтираш "Baking batch number №...", само ако и трите продукта (брашно, яйца и захар) са налични.

По-долу ще приложа примерно решение на задачата, мисля, че от него по-лесно ще разбереш, къде са проблемните моменти и ще можеш да ги коригираш в твоето решение.

import java.util.Scanner;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner input = new Scanner(System.in);
        int number = Integer.parseInt(input.nextLine());

        int counter = 0;
        String expression;
        boolean doesItContainFlour = false, doesItContainEggs = false, doesItContainSugar = false;

        while(counter++ < number){
            while (true){
                expression = input.nextLine().toLowerCase();

                if(expression.equals("flour")){
                    doesItContainFlour = true;
                }

                if(expression.equals("eggs")){
                    doesItContainEggs = true;
                }

                if(expression.equals("sugar")){
                    doesItContainSugar = true;
                }

                if(expression.equals("bake!")){
                    if(doesItContainFlour == true && doesItContainEggs == true && doesItContainSugar == true){
                        System.out.printf("Baking batch number %d...%n", counter);
                        doesItContainFlour = false;
                        doesItContainEggs = false;
                        doesItContainSugar = false;
                    }
                    else if(!doesItContainFlour == true || !doesItContainEggs == true || !doesItContainSugar == true){
                        System.out.println("The batter should contain flour, eggs and sugar!");
                        counter--;
                    }

                    break;
                }
            }
        }
    }
}

Успех!

Здравей Ники, 

И аз имах същия проблем. Все пак стигнах до 100/100 в judge.

Решението ми е малко по-кратко и е с switch. Дано да ти помогне!

https://pastebin.com/mtjxt6cW 

Успех!