Имаше два проблема:

1. Не отчитате, че числата могат да започват със знак '-' и го включвате в изчисляването на сумата от цифрите

2. Сравнявате числата по абсолютна стойност

Оправен код:

using System;

namespace ConsoleApp6
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            int input = int.Parse(Console.ReadLine());

            for (int i = 1; i <= input; i++)
            {
                string num1 = "";
                string num2 = "";
                int num11 = 0;
                int num22 = 0;
                int count = 0;
                string number = Console.ReadLine();

                for (int j = 0; j < number.Length; j++)
                {
                    if (number[j] == ' ')
                    {
                        count = j;
                        continue;
                    }

                    if (j > count && count != 0)
                    {
                        num2 += number[j];
                        if (number[j] != '-')
                        {
                            num22 += number[j] - '0';
                        }
                    }
                    else
                    {
                        num1 += number[j];
                        if (number[j] != '-')
                        {
                            num11 += number[j] - '0';
                        }
                    }
                }

                if (long.Parse(num1) >long.Parse(num2))
                {
                    Console.WriteLine(num11);
                }
                else
                {
                    Console.WriteLine(num22);
                }
            }
        }
    }
}