Подходът за намиране на най-добър DNA е валиден и работи.

Проблемът е, че по условие трябва да се отпечата индекса на най-добият DNA образец от всички въведени такива, а решението не пази тази информация.

Например при вход:

1
0
0
1
Clone them!

Трябва да се отпечата :

Best DNA sample 3 with sum: 1.
1

Защото "1" е третият по ред образец от подадените на входа (0, 0, 1).

Регекса може да се съкрати направо на @"1+"

Има ли причнина, поради която избягвате да ползвате помощен клас и се опитвате да пазите данните във вложени колекции? Това доста усложнява кода.

За сравнение, ето примерно решение с помощен клас:

using System;
using System.Linq;
using System.Text.RegularExpressions;
using System.Collections.Generic;

namespace KaminoFactory
{
    internal static class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            Console.ReadLine(); // skip DNA sequence length from input - not needed by this solution

            var dnaSamples = new List<DnaSample>();

            string input;
            while ("Clone them!" != (input = Console.ReadLine()))
            {
                dnaSamples.Add(new DnaSample(input?.Replace("!", "")));
            }

            var bestDnaSample = dnaSamples
                .OrderByDescending(sample => sample.Length)
                .ThenBy(sample => sample.Index)
                .ThenByDescending(sample => sample.Sum)
                .First();

            Console.WriteLine(
                $"Best DNA sample {dnaSamples.IndexOf(bestDnaSample) + 1} with sum: {bestDnaSample.Sum}.");
            Console.WriteLine(string.Join(' ', bestDnaSample.Dna.ToCharArray()));
        }

        private class DnaSample
        {
            private static readonly Regex OnesRegex = new Regex(@"1+");
            public string Dna { get; }
            public int Sum { get; private set; }
            public int Length { get; private set; }
            public int Index { get; private set; }

            public DnaSample(string dna)
            {
                Dna = dna;
                Sum = 0;
                Length = 0;
                Index = 0;
                Init();
            }

            private void Init()
            {
                foreach (Match sequence in OnesRegex.Matches(Dna))
                {
                    if (sequence.Length <= Length) continue;
                    Length = sequence.Length;
                    Index = sequence.Index;
                }

                foreach (var c in Dna.Where(c => c == '1')) Sum++;
            }
        }
    }
}