Мисля, че намерих какъв е проблема и пускам отговор, в случай че би бил полезен на някой в бъдеще.

При инсталирани всички необходими Extensions (C/C++, CMake tools, и т.н.), които Visual Studio Code може да използва, изглежда че IDE-то директно гледа CMakeLists.txt файла и е важно какво му се добавя посредством този файл. Имам предвид командите find_package, target_include_directories, target_link_libraries и т.н. които пишем в този файл. При мен поне така разпозна външната библиотека SDL2 и спря да я подчертава като нещо unknown, undefined и т.н.

Както съм написал в по-горния коментар, очакването и разбирането ми беше, че корекция в "includePath" параметъра в c_cpp_properties.json файла ще е напълно достатъчна, за да може IDE-то да "разпознае" даден хедър от външна библиотека. Но явно, в този случай, всичко зависи от include командите, които са написани в CMakeLists.txt файла.