Колеги, от известно време използвам ето този tool: CleanProject. След като го инсталирате само с един click автоматично ви изчиства solution-a и сам го архивира, така че след това директно може да го качите в Judge системата. Използва се след натискане на десен бутон върху папката, след което избирате Clean, Remove Source Bindings and Zip Solution. Удобен е не само при качване в Judge системата, но и при качване на домашни.

п.с. Аз съм с Visual Studio 2013 и toll-a работи, макар в сайта да пише, че работи с Visual Studio 2010.