Според мен по-добре почни със C#, може да се спори вечно кое е по-добро и т.н, Двата езика като цяло много си приличат, на 90% са еднакви като функционалност и синтаксис. Според мен в C# има малко повечко благинки (ex: LINQ, lambda) и производството е по-бързо и на по-високо ниво. Откъм web със сигурност надминава Java-та в пъти, като цяло с asp.net може да се бълват сайтове с високи темпове. По-добро бъдеще, сигурно е еднакво, не знам. Java е доста по-ползван, но според мен главно заради факта, че е open source, а не разработка на "тъмните сили". :D

Нямам кой знае какви наблюдения, но като гледам обявите за работа и проекти, които излизат за фрийленсъри си мисля, че е по-удачно да наблегнеш на Java. Първо, защото на андроид се програмира с нея. Второ, защото с Javascript се правят пълноценни приложения за web по-много по-лесен начин отколкото със C# ASP.Net, което напоследък измества .Net

Джава уеб.... за мен това е шега :D Вече НИКЪДЕ не се ползва... джавистите добре че андроида е монопол за тях и все още имат работа... цели се в ASP.NET , PHP  И Javascript.. За тях има хляб ;)

ппс: Вече можеш с пакета Телерик 2.0 да кодиш аппс за андроид с С# които имат близо 70% от скоростта на андроид ( скоро като достигнат 80% ще е безсмислено дори да се ползва джава .. друга алтернатива е уеб апп за андроид) . Пазара на джава до сега бе заради стабилността на големите им приложения ( добра структориемост ) ,но ASP докара същата ... единствения реален + останал на Джава е това ,че не плащаш лиценз на ядро в процесора за да ползваш сървър , на който да работи ASP приложение ( майкрософт са меркантилни задници като цяло )... Голям проект който е на асп и backbonejs и мога да го дам като пример е сайта на виваком( www.vivacom.bg ) ( участвал съм в писането му ).  Голям проект на Java е www.oracle.com

Това е един вечен спор, който скоро време няма да бъде разрешен. C# набира доста голяма скорост и моето лично мнение е, че той е по-добър от Java ( имам известен опит и с двата езика ). С него можеш да създаваш приложения от всякакъв вид - приложни програми, мобилни приложения, уеб сайтове, т.н. Java от друга страна е набрал огромна скорост предните години и още известно време няма да има кой да го измести. Стартът със C# ще ти е по-лесен, точно защото ще можеш да го съчеташ с университета и да се развиваш паралелно и на двете места, но ако си по-голям фен на андроид Java също не е лошо решение ( аз например съм фен на Windows Phone и бих си избрал C# веднага ). Аз бих те посъветвал да избереш C#, с риск да си навлека хейта на Java почитателите :D