Според мен задачата ти не ти работи коректно, незнам точно как си го решил, но ти направих корекции на задачатат дотук.

1. можеш да парснеш Amount директно към Long като изрежеш отзад кг-те с

replaceAll("kg", ""))

2. можеш да си събираш директно резултата като килограми, като правиш една проверка дали е Null и ако е нул го правиш да е 0, защото няма как да се събере - трудно ми е да го обясна - става ей така: 

Long count = companies.get(company).get(nuts);
if (count == null) {
    count = 0l;
}
companies.get(company).put(nuts, amount + count) 
Целия код без принтирането е http://pastebin.com/6PYv9fuH 

За принтирането ще ти дам подобен output  от друга задача да се помъчиш с него :)

for (Map.Entry<String, TreeMap<String, Long>> item: dict.entrySet()) {
        item.getValue().entrySet().stream().forEach((entry) -> {
        System.out.println(entry.getKey() + "-" + entry.getValue() + "kg");
    });
}