Това решение работи само в случай че използва InteliJ, но мисля, че няма винаги да работи на InteliJ, и няма да има интегриран version control.

Прав си, но въпросът е конкретен ... от InteliJ към GitHub ... Така, че нека сам да достигне до извода какво ще му трябва и как ще е най - добре да го ползва. Все пак за това и всички сме тук, за да си помагаме, така, че когато попита за някоя конкретна VCS тогава ще получи и друг отговор.

Това е моето мнение.

Така е прав си колега. 
Поздрави!

Ами гледах едно клипче и инсталирах Git for Windows и след това костенурката, след като си създадох клонирано копие на Repository-то от GitHub в една папка, се опитах да копирам java файловете в локалното репозитори(същата тази папка), за да ги кача по някакъв начин обратно в GitHub, като си мислех че това ще работи, но явно не...сега, след като последвах съветите на Иван, над файловете ми в Intelij се създаде папка с разширение .git и всички файлове ми светят в червено...не мога да си обясня как работят нещата, затова не успявам все още да ги кача...

Светят в червено, защото не са качени. През контекстното меню за контрол на версиите трябва да можеш да ги добавиш, къмитнеш и пушнеш. Огледай възможните опции в IDE-то.

Изтегли си Git Bash с него работя от 3-4 месеца и за всички екипни проекти, не съм имал никакъв проблем, качвам каквито и да е файлове в GitHub, и са само 3 основни команди които ти трябват.

Здравейте, 

Малко със закъснение но благодаря за отговорите ви. С много опити успях да разгадая донякъде сорс-контрол системите.

Поздрави 

Малко със закъснение, но да благодаря на колегата Марин за инфото, но и да опиша начина, по който аз успях първоначално да кача файловете си в GitHub, не е директно от InteliJ и не е много advanced, но на някой може да му е полезно:

1. Създавам си Repository в GitHub;

2 . Създавам си папка на компютъра за да си създам локално Repository;

3. Десен бутон вътре в празната папка -> SVN Checkout -> в менюто, което ми отваря въвеждам URL адреса на репозиторито в GitHub  -> OK;

4. В папката се появяват две папки -> branches и trunk и евентуално readme файл -> в папката trunk поставям java файловете (компилирани), които искам да кача в репозиторито;

5. Десен бутон в полето на папката -> SVN Commit -> ОК.

Надявам се инфото да е полезно, но както отбеляза Марин не е зле да ползваме конзолата. Нещата работят и за напред ще ги използвам вместо гореизложения метод.