Колега,

Окуражавам те да прочетеш ето тази малка статийка за конструкцията pair - много е полезна и е сравнително простичка:
https://www.geeksforgeeks.org/pair-in-cpp-stl/

Първото решение, за което се сетих беше с масив/вектор от pair-и, като в първата клетка на pair-a държиш числото, а във втората държиш броя на пътите, в които то се е срещало. Ето ти първия вид решение: 
https://pastebin.com/TudftASZ

Но все пак видях, че желаеш решение само с вектори/масиви за по-генералния случай, така че единият вариант, за който се сетих е с двумерен масив - много подобно на решението с pair-ите. Общо взето в горната клетка пазиш числото, а в долната - броя пъти, в които си го срещнал. Това е решението с двумерен масив:
https://pastebin.com/ebUqTh9X
А ако искаш да става динамично и не искаш да слагаш някаква константа за бр. клетки - еквивалентът е с вектор от вектори (или още по-добре - вектор от тип pair<int, int>).

И последният вариант, който мога да ти предложа е с единичен вектор, при който всяка четна клетка ти е числото, а всяка нечетна - броят на пътите, в които числото от предната клетка се среща. Т.е. първото число ти е в клетка №0, а counter-а ти за това число е в клетка №1, после - второто ти число е в клетка №2, а counter-а ти за това число е в клетка №3 и т.н. Генерално: i-тото ти число е в клетка № (2*i - 2), а в клетка № (2*i - 1) ти се намира броя на срещанията му. Ето го и това решение:
https://pastebin.com/HjQp9nYT

Сложил съм и коментари за по-лесно разчитане на кода. 
Успех!