Здравей,

Когато търсиш дали елемента го има или проверяваш дали е с най-малко стойност:

 if (stackOfNumbers.Peek() <= smallestNumberInStack)
                        {
                            smallestNumberInStack = stackOfNumbers.Peek();
                            stackOfNumbers.Pop();
                            i--;
                        }

Само в случай, че елемент равен или по-малък от smallestNumberInStack махаш елемента и намаляваш итератора.

Обаче ако елемента не е такъв не го махаш. Съответно при следваща итерация проверките ти с Peek са невалидни, защото първия елемент си е все същия.

Затова винаги премахвай елемента.

https://pastebin.com/jhhxA43m

От друга страна има методи да намериш дали елемента съществува и да намериш най-малкия елемент:

stackOfNumbers.Contains(commands[2]);

stackOfNumbers.Min();