Аз съм го правил за сега само с убунту дуал буута, в интерес на истината не ми хареса като дистрибуция. В повечето случаи дистрибуция и версия на дистрибуцията рядко ще повлияят на това дали ще е осъществи дуал буут или ще се счупи буута, по-скоро трябва да внимаваш при инсталацията да не забършеш някой дял, на който имаш уиндоус - много е вероятно няой инсталатор да не ти познава дяловете, така както ти ги мислиш - C/D/E и прочие, така че предварително си задели Unpartitioned space за линукса и запомни кой е - като мегабайти, за да го идентифицираш после при инсталация и да си работиш с него.

Какво ще ти трябва за джава курса е относително - в общия случай ще ти трябва Java 7 или 8, както и IDE - най-вероятно еклипс. Изчакай това в хода на действие - то ще се случи. Сигурен съм, че и на уиндоус не си инсталираш първо 120 програми и тогава да започваш да работиш на него, нали? :)

А за виртуал бокса - обикновено такива неща са временно решение. Да тестваш нещо - ок, да пуснеш виртуалката и да тестваш. За продължителна работа не си е оферта.

Докато наистина започне да ти трябва в университета този линукс, може да пробваш няколко дистрибуции, за да видиш в коя се ориентираш най-добре и ти е най-юзър френдли. Дериватите на убунту ги водят някак си по-лекички, даже наскоро колега погвали Kubuntu. Федора и редхат базираните също може да са добро решение. Преди много години чух, че хвалят SuSE - но наскоро не съм чувал нищо за него.