R U Bio: Биоинформатика с езика R

Семинар

R U Bio: Биоинформатика с езика R

За Семинара

В тази приложна лекция ще се запознаем със статистическия език за програмиране R, като особен фокус ще бъде биo информатиката. R е функционален език, а основните типове данни са векторизирани. Ще разгледаме тези му особености, преди да преминем към четене и статистически анализ на биологични данни. След това ще се разгледаме работата със символни низове, която е особено важна за целите на генетиката. Ще се запознаем с кодиране на ДНК, РНК и протеини и ще завършим с демонстрация на възможностите на пакетите от проекта BioConductor за работа с геномни данни.

Основни теми:

Основни типове данни, векторизация, R като фунционален език, обектно-ориентирани възможности на R

Входни операции (CSV, XML, API), статистически анализ и визуализация

ДНК, РНК, протеини: азбуката на живота.

R пакети за работа с биоинформатични данни

За Лектора

Виктор Сендеров е докторант по биоинформатика на европейската програма Мария Кюри в рамките на проекта BIG4. Разработва интелигента система за автоматично четене на академична литература в областта на биологията от компютър. Интересите му са изкуствен интелект, графови бази данни и теория на еволюцията. Системата се нарича OpenBioidiv (http://dx.doi.org/10.3897/rio.2.e7757). Виктор има магистърска степен по биостатистика от Лудвиг-Максималиянския унивестет в Мюнхен. Можете да го откриете на @vsenderov, vsenderov@gmail.com и http://openbkms.blogspot.com
Виктор Сендеров photo