Добро утро, 

Със съвсем малка корекция минава 100/100:

===

else if (comand == "Bake!")
                    {
                        Console.WriteLine($"Baking batch number {i}...");
                        counter = 0;
                        break;
                    }

===

Любопитно, но и Съдията не следи коректно нещата..., т.е. пуска и грешни решения... 

Трябва да се следят задължителните съставки отделно... 100/100!

Много бърз тест с твоя код - на първи примерен вход подай:

flour
flour
flour

вместо:

flour
eggs
sugar

и твоята програма ще мине без грешка, т.е. няма да иска всички нужни съставки, а ще се задоволи само с брашно!

============

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;

namespace _08.Cookie_factory
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            int batch = int.Parse(Console.ReadLine());
            string comand = string.Empty;
            int counterFlour = 0; // !!
            int counterEggs = 0;
            int counterSugar = 0;

            for (int i = 1; i <= batch; i++)
            {
                while (comand != "Bake!" || i <= batch)
                {
                    comand = Console.ReadLine();

                    //if (comand == "flour" || comand == "eggs" || comand == "sugar")
                    //{
                    //    counter++;
                    //}

                    if (comand == "flour") // задължителните съставки
                    {
                        counterFlour++; 
                    }
                    else if (comand == "eggs")
                    {
                        counterEggs++;
                    }
                    else if (comand == "sugar")
                    {
                        counterSugar++;
                    }

                    if ((counterFlour < 1 || counterEggs < 1 || counterSugar < 1) && comand == "Bake!")  // !!!
                    {
                        Console.WriteLine("The batter should contain flour, eggs and sugar!");
                    }
                    else if (comand == "Bake!")
                    {
                        Console.WriteLine($"Baking batch number {i}...");
                        counterFlour = 0; // нулираме
                        counterEggs = 0;
                        counterSugar = 0;
                        break;
                    }
                }
            }
        }
    }
}

================

Поздрави,

Иван