Проблема е там, че първо вадиш количеството, а след това правиш проверка дали ще стане по-малко от 0. В някой случаи става, че е продадено повече от колкото има:

if (product[0].Equals(productNames[i]))
                    { 
                        if (productQuantity[i] - quantityNeeded>= 0) //първо проверяваме
                        {
                            productQuantity[i] -= quantityNeeded;   //после вадим
                            var totalPrice = quantityNeeded * productPrice[i];

                            Console.WriteLine($"{productNames[i]} x {quantityNeeded} costs {totalPrice:F2} ");
                        }
                        else
                        {
                            
                            Console.WriteLine($"We do not have enough {productNames[i]}");
                        }
                    }