начина по който правиш проверка за collectItem в case 'Collect'.

ако направиш тест  с повтарящи се стойности за collectItem, ще ги запише всичките. 

Тъй като, за да знаеш дали имаш(или нямаш) някаква стойност в масива, трябва да го обходиш изцяло.Така както е при теб, проверяваш първата стойност и брейкваш, независимо дали е равна на търсената или не.  For-цикъла влиза при i=0, проверява има ли на индекс 0 търсената стойност, ако я има брейква, ако не я намери на индекс 0 отива в else, изпълнява push() за стойността и пак брейква. Т.е. проверяваш само нулевия индекс.

Използвай indexOf() или includes() методите на масив. 

конкретно в случая, промених кода за 'Collect' 

case 'Collect':

                {

                    let collectItem = command.shift();

                       if (!items.includes(collectItem)){

                        items.push(collectItem);

                       }

                }