using UnityEngine;
using System.Collections;

public class EnemySpawn : MonoBehaviour {

    public GameObject enemy;
    public float spawnTime = 3f;
    public Transform spawnPoint;
    void Start()
    {
        // Call the Spawn function after a delay of the spawnTime and then continue to call after the same amount of time.
        InvokeRepeating("Spawn", spawnTime, spawnTime);
    }
    void Spawn()
    {
 

        // Create an instance of the enemy prefab at the  selected spawn point's position and rotation.
        Instantiate(enemy, spawnPoint.position, spawnPoint.rotation);
    }

Това би трябвало да реши проблема ти.

Не го използваш правилно. Ти пускаш Coroutine което е се изпълнява на отделен тред. Пускането на карутината не спира екзекуцията на другия метод - Coroutine-ата работи отделно.

Също, това го правиш във ъпдейт метода - това означава че всеки кадър ще правиш по още една гадина. Тука имаш два варианта. Единия е ъпдейт, другия карутин. Ето код:

class OptionOne{

	float Timer = 0;
	float SpawnRate = 1.5f;

	void Update()
	{

		Timer += Time.deltaTime;
		if(Timer > SpawnRate)
		{
			Timer = 0;
			SpawnEnemy();
		}
	}
}

class OptionTwo{
	float SpawnRate = 1.5f

	void Start()
	{
		StartCoroutine(Spawner(SpawnRate));
	}

	IEnumerator Spawner(float interval)
	{
		while(true)
		{		
			SpawnEnemy();
			yield return new WaitForSeconds(interval);
		}
	}
}

Също можеш да използваш InvokeRepeating, Но до колкото знам не е най-добрата практика защото ползва Reflection.

Можеш и с едно флагче да си оправиш кода (като Option 3 от предложенията на keller):

http://pastebin.com/PHb8vmg0

, но мисля че чисто логичеки неговите са по-правилни, пак зависи от случая де

Варианта на keller първия с Time.deltaTime е най-добрия от всички като искаш просто през определен период да spawn-ваш нови enemy-та. Можеш разбира се да го въртиш по някакъв начин и в coroutine но като можеш да избягваш изобщо да пускаш coroutine няма за какво да го правиш. Обикновено coroutines се ползват за други неща когато например искаш някакъв по-добър контрол върху нещо което правиш. Можеш да пробваш да правиш сметките и в FixedUpdate() като там ще ползваш Time.fixedDeltaTime. Ще се извиква 1 идея по-рядко от Update() но пък е по-точен откъм време.