Предполагам, че на последния ред си пропуснал да довършиш. Липсват ти кавичките, данните за контейнера %d , скоба и точка и запетая разбира се.

Ако искаш да минеш без булеви променливи (или така наречените "флагчета"), можеш да го направиш while(true) {...} и вътре да си ифнеш, принтнеш и брейкнеш при настъпването на нужните обстоятелства. Нещо такова:

import java.util.Scanner;

public class Moving {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);

        int w = Integer.parseInt(scanner.nextLine());
        int l = Integer.parseInt(scanner.nextLine());
        int h = Integer.parseInt(scanner.nextLine());

        int volume = w * l * h;

        while (true) {
            String input = scanner.nextLine();
            if (input.equals("Done")) {
                System.out.println(volume + " Cubic meters left.");
                break;
            }
            int box = Integer.parseInt(input);
            volume -= box;
            if (volume < 0) {
                System.out.printf(
                        "No more free space! You need %d Cubic meters more.",
                        Math.abs(volume));
                break;
            }
        }
    }
}

Обаче, ако ми позволиш да ти дам един съвет, който не е свързан с конкретна задача. 

Най-често програмите се чупят по два начина:

• По време на самата компилация (тоест не може да се компилира въобще);

Това може да се дължи на структурни и синтактични грешки, като: несъответстващи скоби, разминаване в имената на Класа и файла, ако щеш и някоя главна буква или пък липсващ край на ред ";" и така нататък. Обикновено идето ти ги подчертава в червено. Също така като оувърнеш с мишката, ти подсказва какво не е наред...

• По време на изпълнението на програмата.

ТОва означава, че програмата ти се  е компилирала, но нещо при изпълнението е фейлнало.. Причините също може да варират с голямо разнообразие - обикновено се "хвърля грешка", която описва къде и от какво естество е тя.

Аз няма да се задълбочавам повече, но понеже при теб се забелязва тенденция да допускаш често compile errors, те съветвам да си разцъкаш една семпла програмка, да се заиграеш с тези скоби - махни една скоба, сложи я другаде или въобще да я няма... виж какво ще стане... може даже да се окаже забавно... :)

Повярвай ми, тези неща остават трайно, когато сам си счупиш кода и знаеш кое до какво води... :)