Благодаря за разясненията и забележките! Пооправих си малко кода и дори първият ми тест мина успешно. Но на останалите се провалям. Програмата ми се чупи със съобщение: string subscript out of range. Кой стринг ми е извън обхват не знам. И ако е така защо ми минава първият тест? 

https://pastebin.com/yiduuj3D

Привет,

Предполагам проблема ти е тук:
std::string decryptedRotorMsg(std::string& msg, const std::string& rotor) {
    const std::vector<int> msgIndexes = getMsgIndexes(msg);
    const size_t arrSize = msgIndexes.size();
    for (size_t i = 0; i < arrSize; i++)
    {
        msg[i] = getAlphaFromIndex(rotor.find(msg[i]));
    }
    return msg;
}

В msg[i] достъпваш несъщестнуващ индекс.
Пробвай да принтираш на cerr различни неща в твоята задача и ще видиш проблема.

Първия тест ти минава, защото е "прост" и не покрива голяма част от подводните камъни.

void printEncryptedMsg(const std::vector<std::string>& rotors, std::string& masage, const int& pseudoRandomNumber) {
    std::string shiftMsg = caesarShift(pseudoRandomNumber, masage);
    std::string encryptedMsgAfterFirstRotor = encryptedRotorMsg(shiftMsg, rotors[0]);
    std::string encryptedMsgAfterSecondRotor = encryptedRotorMsg(encryptedMsgAfterFirstRotor, rotors[1]);
    std::string encryptedMsgAfterThirdRotor = encryptedRotorMsg(encryptedMsgAfterSecondRotor, rotors[2]);
    std::cout << encryptedMsgAfterThirdRotor << std::endl;
}

Това може да стане с един цикъл.

Нямаш нужда от нови променливи.

Проблема ми беше в caesarShift функцията. Оправих я. Сега ми остана да оправя само deCaesarShift функцията. Вече ми гърми само последният тест. А това за цикъла, не знам как ще стане.

Почти си го направил  Най-важното в тази задача е да изчислиш правилно индексите, т.е, отместването спрямо началото на масива. Задачата не е сложна, обаче се старай да пишеш по-изчистен и прост код. Това ще ти намали потенциалните грешки. Ето ти едно примерно имплементиране на функцията caesarShift()

void CaesarShift(string& msg, const int n)
{
    constexpr int len = 'Z' - 'A' + 1;
    for (size_t i = 0; i < msg.length(); i++)
    {
        msg[i] = 'A' + (msg[i] + n + i - 'A') % len;
    }
}

По подобен начин можеш да направиш deCaesarShift(). Останалите функции са също толкова прости.

Грешката ми беше в caesarShift и deCaesarShift функциите. Оправих ги като си направих една променлива  char newAlpha = msg[i] - number - i; за deCaesarShift и int newAlpha = msg[i] + number + i; за  caesarShift. В caesarShift функцията променливата ми е от тип int защото ако е char ми дава грешка като излезе от обхвата на ASCII таблицата. В deCaesarShift функцията малко бабешки съм направил проверките, но не можах да се сетя за друг начин. Относно забележката, че не използвам цикъл за извикването на функциите encryptedRotorMsg и decryptedRotorMsg, не можах да го измисля. При всяко викане на тези функции използвам различен message като параметър и не знам как ще стане да ги викам в цикъл. Иначе, минавам всички тестове, но ми дава 66% защото имам хардкоднато решение. Но това са ми възможностите.

https://pastebin.com/edit/yiduuj3D

Благодаря за добрата идея! Вече ми дава 100%

Измислих, поне според мен, по-разбираемо решение за caesarShift функцията.

std::string caesarShift(const int& number, std::string& msg) {

    const size_t msgSize = msg.size();

    for (size_t i = 0; i < msgSize; i++)

    {

        int increaseLetter = msg[i] + number + i;

        for(int j = msg[i]; j < increaseLetter; j++){

            msg[i]++;

            if (msg[i] == 'Z' + 1) {

                msg[i] = 'A';

            } 

        }

    }

    return msg;

}

Съветвам те да разгледаш други решения на задачата. Има доста интересни решения, някои от тях използват std::transform(), ламбда функции и дори темплейти. Има какво да научиш, най-малкото ще видиш как да викаш роторите в цикъл, макар че за някои решения това е излишно.