Проблемът е в закръглянето:
 

double sum = palamud + safrid + midi;
        sum = Math.round(sum*100.0);
        sum = sum/100.0;

        System.out.println(sum);

Замених имплементацията на закръглянето с форматиране на числото(самото форматиране също закръгля) и ти дава 100 точки:

double sum = palamud + safrid + midi;
DecimalFormat formatter = new DecimalFormat("#0.00");     
System.out.println(formatter.format(sum));

Имай предвид, че за да ползваш класа DecimalFormat трябва да имаш import на java.text.DecimalFormat. Има и други наичини да се форматира в Java(мисля, че имаше printf към System.out), но не мога да ти кажа със сигурност кой е най-добрият вариант и защо(C# all the way). Между другото всички валидации на входа са излишни(поне според мен), защото границите, които са ти дадени по условие са гарантирани във всички тестове(също така, в случай, че все пак ги искаш - празният if може да се замени като обърнеш условието):
 

if(quantityMIDI<=100 && quantityMIDI>=0){
}
else System.exit(0);
// replace with
if(quantityMIDI > 100 || quantityMIDI < 0){
    System.exit(0);
}

Дано не съм те объркал, а да съм помогнал, успех!