Здравей,

Кода ти е доста изчистен. Послужи ми като база за тестване и установих проблема.

При вход:

Направих само една пормяна, в червено, по-долу и мина. 

import java.util.*;

public class Kamino_Factory {

    public static void main(String[] args) {

        Scanner scanner = new Scanner( System.in );

        int l = Integer.parseInt( scanner.nextLine() );

        int row = 0;
        int bestrow = 0;

        int max_seq = 1;
        int min_ind = 0;
        int max_sum = Integer.MIN_VALUE;

        String [] arr_f = new String [l];

        while (true) {

            row++;

            String input = scanner.nextLine();
            if ("Clone them!".equals(input)) break;

            String[] arr = input.split( "!+");

            List<String> list = new ArrayList<String>();

            int n = 0;
            for (int i = 0; i < arr.length - 1; i++) {
                if (Integer.parseInt(arr[i]) == Integer.parseInt(arr[i + 1])) {
                    list.add( i + "_" + arr[i] + "_" + (n += 1));
                } else n = 0;
            }

            int f_cnt = 0;
            int f_ind = 0;
            int f_val = 0;
            int f_max = 0;


            for (int x = 0; x < list.size(); x++) {

                String[] v = list.get(x).split("_");

                int key = Integer.parseInt(v[0]);
                int value = Integer.parseInt(v[1]);
                int count = Integer.parseInt(v[2]);

                if ((key + 1 - key == 1) && f_cnt < count) {
                    f_ind = key;
                    f_val = value;
                    f_cnt = count;
                }
            }

            /* MAX */
            if (list.isEmpty()) {
                f_val += Integer.parseInt(arr[0]);
            }

            for (int s = 0; s < arr.length; s++) {
                if (Integer.parseInt(arr[s]) == f_val ) f_max += Integer.parseInt(arr[s]);
            }

            if ((f_cnt + 1) > 2 ) f_ind = (f_ind + 2) - (f_cnt + 1);

            if (max_seq < (f_cnt + 1) || (max_seq == (f_cnt + 1) && min_ind > f_ind) || (max_seq == (f_cnt + 1) && min_ind == f_ind && max_sum < f_max)) {
                max_seq = (f_cnt + 1);
                min_ind = f_ind;
                max_sum = f_max;
                arr_f = Arrays.copyOf(arr, arr.length);
                bestrow = row;
            }

//            System.out.println(String.join(" ", arr)+"_____"+(f_cnt+1)+"_"+f_ind+"_"+f_max+"_"+bestrow);
        }

        System.out.printf("Best DNA sample %d with sum: %d.%n", bestrow ,max_sum);
        System.out.println(String.join(" ", arr_f));
    }
}

Радвам се, че помогнах по някакъв начин

Съветвам те да се опиташ да го оптимизираш. Добра тренировка е. Поне аз се старая да го правя, веднъж след като взема 100-те точки.

Peace✌

Задължително го оптимизирам след като получа 100т. Това което ти постигаш с if проверки при мен се случва в list. Убеден съм че има начин да се оптимизира и без да променям основната логика. Много хитро че махаш нулите от самото начало. Тази подробност я бях проспал и първоначално кода отчиташе също най дълга поредица от нули.