На пръв поглед виждам, че на 9-ти ред изпълняваш функцията shift(), което ще вземе следващия ред от твоя input. Това обаче го правиш и на края на while цикъла. Тоест стават общо два пъти за едно завъртане. Вместо това можеш просто да направиш следното:

let num = Number(command);

Здравей, ето ти едно решение на Java, сравни ги, за да успееш да намериш разликите :-) Успех

https://pastebin.com/d6fWQU1K

Здравейте, вашияд код 100 от 100. Както каза колегата на 9ти ред има едно излишно почикване. Също така ако числото е по-малко от нула, преди continue, трябва да се изчика ново подаване.function primeNonprime(input) {
    let command = input.shift();
 
    let primeSum = 0;
    let nonPrimeSum = 0;
 
 
    while (command != "stop"){
        let num = Number(command);
        if (num < 0) {
            console.log("Number is negative.");
          command = input.shift();
            continue;
        }
 
        let isPrime = true;
 
    if (num == 1) {
        isPrime = false;
    } else {
        for (let i = num; i >= 2; i--) {
            if (num % i == 0 && i != num) {
                isPrime = false;
                break;
            }
        }
 
    }
 
   
    if (isPrime) {
        primeSum += num;
    } else {
        nonPrimeSum += num;
    }
   
   command = input.shift();
 
}
 
 
console.log(`Sum of all prime numbers is: ${primeSum}`);
console.log(`Sum of all non prime numbers is: ${nonPrimeSum}`);
 
}

Съвета на колегата е добър, но трябва да добавиш и вход преди continue при отрицателни.

https://pastebin.com/UcVBmsZ5