Както колегата @niyazihasan е отбелязал, имахте проблем с индексацията.

Не е удачно да се разчита на интерпретатора да хвърли ексепшън, вместо да се валидират входните данни. 

Оправеното решение:

gifts = input().split(' ')

command = input().split(' ')
while command[0] != 'No' and command[1] != 'Money':
    index = 0
    if command[0] == 'OutOfStock':
        gift = command[1]
        gifts = list(map(lambda lst: lst.replace(gift, "None"), gifts))

    elif command[0] == 'Required':
        index = int(command[2])
        if 0 < index < len(gifts):
            gifts[index] = command[1]

    elif command[0] == 'JustInCase':
        gifts[-1] = command[1]

    command = input().split(' ')

while 'None' in gifts:
    gifts.remove('None')

for i in gifts:
    print(i, end=' ')

Благодаря Ви колеги, за помощта. Разбрах къде греша.

gifts = input().split()
command = input()

while not command == "No Money":
    command = command.split()
    if "OutOfStock" in command:
        for i in range(len(gifts)):
            if command[1] in gifts[i]:
                gifts[i] = "None"
    elif "Required" in command:
        for i in range(len(gifts)):
            if i == int(command[2]):
                gifts[i] = command[1]
    elif "JustInCase" in command:
        gifts[-1] = command[1]
    command = input()
while "None" in gifts:
    gifts.remove("None")
for i in gifts:
    print(i, end=" ")