1. StringBuilder first = new StringBuilder(input[0]);

2.             StringBuilder second= new StringBuilder(input[1]);

3.             StringBuilder leftover = new StringBuilder();

това е абсолютно излишно ти си имаш стрингове зашо презаписваш стринг в stringbuilder само ти си знаеш.

второ има доста голяма разлика първия вариант които си закоментирал и дава грешка с паметта върти целия стринг и имаш 4 проверки.

а втория варинт които ти минава е с пъти по бърз защото извършваш операциите върху части от стринга.

Сега ако тръгна да ти обеснявам точно защо е разликата може би ще те объркам но това е заради начина по които работи компилатора и тн ако те интересува прочети малко за stack и heap. Общо взето е свързано с това как се пазят променливите къде и как се достъпват и тн. теоритично и 2ата варианта са правилни но при поставените ти условия оптимизирания вариант е правилен. Сещам се по няколко начина как да го обесня но все става сложно,това са малко по адвансед конценпций и макар да ги разбирам ми е трудно още да ги обеснявам на ниско ниво. 

При мен и двата варианта минават със 100/100, Memory: 8.56 MB, Time: 0.046 s