Здравей , ето това е твоето решение с Remove за 100/100

 

namespace _1__
{
    internal class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            string input = Console.ReadLine();
            string command = string.Empty;
            while ((command = Console.ReadLine()) != "Registration")
            {
                string[] cmd = command.Split(new string[] { " " }, StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries);
                switch (cmd[0])
                {
                    case "Letters":
                        if (cmd[1] == "Upper")
                        {
                            input = input.ToUpper();
                        }
                        else
                        {
                            input = input.ToLower();
                        }
                        Console.WriteLine(input);
                        break;
                    case "Reverse":
                        int startInx = int.Parse(cmd[1]);
                        int endInx = int.Parse(cmd[2]);
                        if (startInx >= 0 && endInx < input.Length && startInx <= endInx)
                        {
                            Console.WriteLine(string.Join("", input.Substring(startInx, (endInx - startInx + 1)).Reverse()));
                        }
                        break;
                    case "Substring":
                        if (input.Contains(cmd[1]))
                        {
                            while (input.Contains(cmd[1]))
                            {
                                input = input.Remove(input.IndexOf(cmd[1]), cmd[1].Length);
                                Console.WriteLine(input);
                            }
                        }
                        //input = input.Replace(cmd[1], "");
                        else
                        {
                            Console.WriteLine($"The username {input} doesn't contain {cmd[1]}.");
                        }
                        break;

                    case "Replace":
                        if (input.Contains(cmd[1]))
                        {
                            input = input.Replace(cmd[1], "-");
                            Console.WriteLine(input);
                        }
                        break;
                    case "IsValid":
                        if (input.Contains(cmd[1]))
                        {
                            Console.WriteLine("Valid username.");
                        }
                        else
                        {
                            Console.WriteLine($"{cmd[1]} must be contained in your username.");
                        }
                        break;
                    default:
                        break;
                }
            }
        }
    }
}

Разликата е че не използваше дължината на командата 

cmd[1].Length

,когато премахваш, а това 

cmd.Length

което е дължината на масива с командите.
Тъпото е че в Judge работи и така 

input = input.Remove(input.IndexOf(cmd[1]), cmd.Length + 1);

 което изобщо не е добре