Привет,
аз ще споделя какво намерих в кода:

1. В readInput() тази променлива std::string endOfVec = "stop"; не я ползваш никъде, може би си искал да я ползваш в while loop-a.

2. В putInMap() можеш директно да изтриеш къдете ползваш функцията convertStringToInt() и самата фунцкия направо, и да я смениш със stoi(). И да стане просто така:

int currNum = stoi(input[i + 1]);

Също аз бих сменил map.insert(std::make_pair(currWord, currNum)); с това map[currWord] = currNum; 
Отделно да сложа още един параметър на функцията std::vector<std::string>& resPrintOrder в който да пушвам всеки път като намеря нов ресурс:

std::map<std::string, int> putInMap(const std::vector<std::string>& input,
                                    std::vector<std::string>& resPrintOrder) {
	std::map<std::string, int> map;
	for (size_t i = 0; i < input.size(); i += 2) {
		std::string currWord = input[i];
		int currNum = stoi(input[i + 1]);
		auto pair = map.find(currWord);
		if (pair == map.end()) {
			map[currWord] = currNum;
			resPrintOrder.push_back(currWord);
		}
		else {
			int sum = pair->second + currNum;
			pair->second = sum;
		}
	}
	return map;
}

3. В sortMap() бих въртял for loop в resPrintOrder и следователно да махна map.erase(pair); 

void sortMap(const std::map<std::string, int>& map,
			 const std::vector<std::string>& resPrintOrder) {
	size_t size = resPrintOrder.size();
	for (size_t i = 0; i < size; i++) {
		std::string currWord = resPrintOrder[i];
		auto pair = map.find(currWord);
		std::cout << pair->first << " -> "
			<< pair->second;
		std::cout << std::endl;
	}
}

И кода минава 100/100 :)

Според мен всичко проблеми идват накрая като въртиш при принтирането в input-a. Защото той може да е 2000 ентрита а да имаш само 3-4 ресурса. И ти още на първото завъртване да намериш Gold (примерно) и да го принтираш и да го изтриеш, но в инпута можеш да имаш Gold още 1500 пъти.
Отделно при мен ми гърми кода на 2 теста и предполагам е защото ти липсва проверка за map.find() дали е равна на map.end() (пак в същата фунцкия sortMap), тъй като ти може да си изтрил Gold (примерно) и какво става ако мине пак Gold през инпута - не го намира в мап-а. И после триеш нещо, което не си намерил, но не съм много сигурен тук какво става, но със сигурност не ми изглежда окей :)

Надявам се съм ти помогнал.

Поздрави,
Илиян