Нулевите тестове минават в джъджа а останалите са грешни, но джъджа не ти позволява да провериш къде ти е грешката която най-вероятно е при изчисленията. В такъв случай използвай дебъгера задавайки различни стойности за да провериш къде бъркаш. Дебъгера може да е изключително полезен!!!!! Веднъж научиш ли се да го използваш, ще ти е незаменим помощник в доста от задачите.

А иначе ето кода в който съм поправил Math.Round -> Math.Truncate  и изчислението при overflow

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;
namespace pipes_in_pool
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            var vPool = int.Parse(Console.ReadLine());
            var p1 = int.Parse(Console.ReadLine());
            var p2 = int.Parse(Console.ReadLine());
            var time = double.Parse(Console.ReadLine());
            var vPipes = (p1 * time) + (p2 * time);
            var pipeOnePercent = (p1 * time) / vPipes * 100;
            var pipeTwoPercent = (p2 * time) / vPipes * 100;
            var vFullPool = vPipes / vPool * 100;
            var overflow = vPipes - vPool;
            var pipeTwoPercentExact = pipeTwoPercent - (pipeTwoPercent / 100);
            if (vPipes <= vPool)
            {
                Console.WriteLine($"The pool is {Math.Truncate(vFullPool)}% full. Pipe 1: {Math.Truncate(pipeOnePercent)}%. Pipe 2: {Math.Truncate(pipeTwoPercent)}%.");
            }
            else if (vPipes > vPool)
            {
                Console.WriteLine($"For {time} hours the pool overflows with {overflow} liters.");
            }
        }
    }
}

Грешката ти идва от  Math.Round(), което закръгля до най - близкото цяло число. Вместо него използвай Math.Truncate(),то взима само цялата част на дадено дробно число.

http://pastebin.com/GgYYL7E1

Дава 100т. Мисля че ще ти помогне да видиш къде изпускаш нещо.

Основната ти грешка е, че е трябвало да използваш Math.Truncate() вместо Math.Round(), защото процентите трябва да се сведат до цяло число без да се прави закръгляне. Вместимостта на басейна би трябвало да е от тип double, а не int. Намалих броя на променливите, за да има по-малка вероятност от допускане на грешки. Това е твоят код, вече променен, за достигане на 100 точки:

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;

namespace ConsoleApplication2
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            var vPool = double.Parse(Console.ReadLine());
            var p1 = int.Parse(Console.ReadLine());
            var p2 = int.Parse(Console.ReadLine());
            var time = double.Parse(Console.ReadLine());
            double vPipes = (p1 * time) + (p2 * time);
            double pipeOnePercent = (p1 * time) / vPipes * 100;
            double pipeTwoPercent = (p2 * time) / vPipes * 100;
            if (vPipes <= vPool)
            {
                Console.WriteLine("The pool is {0}% full. Pipe 1: {1}%. Pipe 2: {2}%.",
              Math.Truncate(100*vPipes/vPool), Math.Truncate(pipeOnePercent), Math.Truncate(pipeTwoPercent));
            }
            else if (vPipes > vPool)
            {
                Console.WriteLine("For {0} hours the pool overflows with {1} liters.",time,Math.Abs(vPipes-vPool));
            }
        }
    }
}

https://pastebin.com/yScw4aig това е моето решение, дава ми 76/100 точки. Не разбирам защо? 

Много Ви благодаря за помощ!