Здрасти най-лесното което ми хрумна като ти разгледах кода е да слагаш запетая пред всички числа без пред първото. Тоест
декларираш си една променлива която да е равна на 0 в началотои след принтенето на числата я дигаш с еденица(тоест само първия път ще е 0). И правиш една проверка ако е 0 принтиш без запетая ако е по - голяма от 0 със запетая.

В твоя случей можеш да си използваш директно променливата P. 

Ето примерно как ще стане: 

using System;

namespace NumbersInInterval
{
class NumbersInInterval
{
static void Main()
{
Console.Write("Please put first number: ");
int start = int.Parse(Console.ReadLine());
Console.Write("Please put second number: ");
int end = int.Parse(Console.ReadLine());
int p = 0;
string nothing = "-";
Console.Write("Numbers: ");
for (int i = start; i <= end; i++)
{
if (i % 5 == 0)
{
if (p == 0)
{
Console.Write("{0}", i);
}
else
{
Console.Write(", {0} ", i);
}
p++;
}
}
if (p == 0)
{
Console.Write(nothing);
}
Console.WriteLine();
Console.WriteLine("start = {0}",start );
Console.WriteLine("end = {0}", end);
Console.WriteLine("P = {0}", p);
}
}
}

Дано съм те разбрал правилно.

Когато отпечатваш числата трябва да спреш цикъла преди последното отпечватване и последното число да го отпечаташ извън цикъла.

Пример за отпечатване на числата от 1 до N, разделени със запетая.

// цикъла е до n-1
for(int i = 1; i <= n - 1; i++)

{

      Console.Write("{0}, ", i);

}

//n-тото число го отпечатваш извън цикъла

Console.Write("{0}", i);