Опитваш се да сортираш по цяла колекция, което нямам да стане. Може да пренапишеш LINQ заявката на:

events = events.Select(x => new KeyValuePair<string, Dictionary<string, List<string>>>(x.Key,
                        x.Value.OrderByDescending(y => y.Value)
                            .ThenBy(y => y.Key)
                            .ToDictionary(y => x.Key, y => y.Value))).ToDictionary(x => x.Key, x => x.Value);

но изглежда доста кофти. Препоръката ми е, ако знаеш ООП, да използваш класове - ще е много по-красиво.

Още няколко note-a:
 

var entry = input.Split(new[] { ' ', '\t' }, StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries); // .ToArray()

Ненужен .ToArray()
 

var isLegit = eventName; // .ToCharArray()

Ненужен .ToCharArray()

LINQ Extension методите не променят колекцията върху която се използват а връщат нова. Т.е. вместо това:

events[ID][eventName].Distinct();

 ти трябва това:

events[ID][eventName] = events[ID][eventName].Distinct().ToList();

Поздрави,
Теодор