Здравей, това форматиране в този случай изобщо не ти трябва. Иначе DecimalFormat е клас, който като като му направиш нова инстанция има метод format(), който ти форматира изхода в случая до 9 тия знак след запетаята и ще изпишат само толкова, колкото са. В смисъл ако имаш число 5, 5555 то няма да ти изпише 5,555500000 а само 5,5555, а ако искаш да има и нулите трябва форматът да ти изглежда така "#,000000000". А ако са повече, от 9 ти отрязва останалите. 

Относно задачата, проблемът е, че ако ти подадат отрицателни координати се получава отрицателен резултат, което е невъзможно фигура да има отрицателна площ и тн.. Затова взимаш абсолютните стойности на числата, за да си сигурен, че винаги ще имаш положителен резултат. 

Ето ти твоя код, малко поправен за 100%.

mport java.text.DecimalFormat;
import java.util.Scanner;

public class inchTocm {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner=new Scanner(System.in);
        double x1=Double.parseDouble(scanner.nextLine());
        double y1=Double.parseDouble (scanner.nextLine());
        double x2=Double.parseDouble(scanner.nextLine());
        double y2=Double.parseDouble (scanner.nextLine());
        //изчисляване на страните
        double width=Math.abs(Math.max(x1, x2)- Math.min(x1, x2));
        double height=Math.abs(Math.max(y1, y2)- Math.min(y1, y2));
        System.out.println(Math.abs(width * height));
                System.out.println(2*(width + height));
    }
}

Здравей колега Dimityr81!

Колегата Vesso1980 ще ме извинява, но те въвежда в леко заблуждение. Това което е написал няма особен смисъл:

double width=Math.abs(Math.max(x1, x2)- Math.min(x1, x2));

double height=Math.abs(Math.max(y1, y2)- Math.min(y1, y2));

Дори и да бъдат подадени отрицателни координати, дължините на страните винаги ще бъдат положителни, защото когато от по-голямо отрицателно число вадим по-малко такова, се получава положително число. Ето защо, ако използваш Math.max и Math.min, няма нужда да се използва Math.abs и кодът ти ще изглежда така:

double width = Math.max(x1, x2) - Math.min(x1, x2);
double height = Math.max(y1, y2) - Math.min(y1, y2);

Ако използваш Math.abs няма значение кое ще бъде умаляемото и кое умалителя и кодът ти ще изглежда така:

double width = Math.abs(x1 - x2);
double height = Math.abs(y1 - y2);

или така:

double width = Math.abs(x2 - x1);
double height = Math.abs(y2 - y1);

Ако условието на задачата изисква 1500.5 да се отпечата като 1500.5, а 1500.0 като 1500 и пишеш на Java, можеш да го постигнеш като използваш DecimalFormat. В твоя код обаче забелязвам, че в patern-а "#,#########" използваш запетая като десетичен разделител, а трябва да е точка. Запетаята играе ролята на групов разделител, когато искаш числото да изглежда например така 100 000 000.

import java.util.Scanner;

public class RectangleArea2D {
        public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner=new Scanner(System.in);

        double x1=Double.parseDouble(scanner.nextLine());
        double y1=Double.parseDouble (scanner.nextLine());
        double x2=Double.parseDouble(scanner.nextLine());
        double y2=Double.parseDouble (scanner.nextLine());

        //Request
        double width=Math.abs(Math.max(x1, x2)- Math.min(x1, x2));
        double height=Math.abs(Math.max(y1, y2)- Math.min(y1, y2));
        double total1 = (Math.abs(width * height));
        double total2 = 2 * (width + height);

        System.out.println(total1);
        System.out.println(total2);

    }
}

Ето още едно за 100 :)

1. Постави този код в IDE-то;
2. Рънни го;
3. Въведи числата, които са за вход:

   60
   20
   10
   50

4. Трябва да получиш:

1500.0

160.0

Получи ли се този резултат си готов :)

Успех !!! :)